Den vigtigste fødekilde for denne art er frø af fyrretræer (Pinus sp.), hovedsageligt de to koldklimatiske (højtliggende) arter af hvidt fyrretræ (Pinus subgenus Strobus) med store frø P. albicaulis og P. flexilis, men også ved hjælp af andre højtliggende arter som P. balfouriana, P. longaeva og P. monticola. Under vandringer til lavere højder bruger den også i stor udstrækning frø af pinyon pines. Den isolerede Cerro Potosí-population er stærkt forbundet med den lokale endemiske Potosi-pinion Pinus culminicola. Alle Clarks nøddeknækkere har en sublingual pose, der kan rumme omkring 50-150 frø, afhængigt af frøenes størrelse; posen forbedrer i høj grad fuglenes evne til at transportere og opbevare frø.
Clarks nøddeknækkere opbevarer frø, normalt i jorden for senere at blive spist, i lagre på 1-15 frø (gennemsnitligt 3-4 frø). Afhængigt af kogleafgrøden samt træarten kan en enkelt Clark’s nøddeknækker gemme op til 98.000 frø pr. sæson. Fuglene gemmer regelmæssigt mere, end de rent faktisk har brug for, som en forsikring mod frøtyveri fra andre dyr (egern osv.) og mod manglende tilgængelighed af alternative fødeemner; disse overskydende frø bliver tilbage i gemmerne og vil måske kunne spire og vokse til nye træer, hvis forholdene er gode. Gennem denne aktivitet med at gemme og opbevare for mange frø i en cache opretholder fuglen sit eget levested. Nært forbundet med denne opbevaringsadfærd er fuglens bemærkelsesværdige langtidshukommelse; den er i stand til at genplacere frøcacher med stor nøjagtighed, selv ni måneder senere, og selv når cachestederne er begravet under op til en meter sne. Dens hukommelsesevne er et eksempel på Corvidae’s høje intelligens.
Den har også et bredt udvalg af insektbytte, bær og andre frugter, små pattedyr og lejlighedsvis kød fra kadavere på sin kost. Æg og redeunger bliver undertiden fortæret, og jordnødder og talg er blevet en favorit ved fuglebordsborde. Maden tages både fra jorden og fra træerne, hvor nøddeknækkerne er meget adrætte blandt grenene. Fuglene er i stand til at hente føde ved at omklamre fyrrekogler på en sådan måde, at koglerne holdes mellem den ene eller begge fødder. Derefter hakker fuglene keglerne op med deres stærke næb. Der bliver også hakket i rådne træstammer for at finde store billelarver, og der kan blive vendt dyrelort på jagt efter insekter. Clark’s nøddeknækker kan også være opportunistiske fodringsfugle i bebyggede områder og er kendt af nogle som “lejrrykkere”.