Contig kan også henvise til de overlappende kloner, der danner et fysisk kort over et kromosom, når der anvendes top-down- eller hierarkisk sekventeringsstrategi. Ved denne sekventeringsmetode udarbejdes der et kort med lav opløsning før sekventeringen for at skabe en ramme, der kan styre den senere samling af sekvenslæserne af genomet. Dette kort identificerer de relative positioner og overlapning af de kloner, der anvendes til sekventering. Sæt af overlappende kloner, der danner en sammenhængende DNA-strækning, kaldes contigs; det mindste antal kloner, der danner en contig, som dækker hele kromosomet, udgør den tiling path, der anvendes til sekventering. Når en tiling path er blevet udvalgt, skæres de tilhørende BAC’er op i mindre fragmenter og sekventeres. Contigs udgør derfor rammen for hierarkisk sekventering.Samlingen af et contig-kort omfatter flere trin. Først skæres DNA i større stykker (50-200 kb), som klones ind i BAC’er eller PAC’er for at danne et BAC-bibliotek. Da disse kloner skal dække hele genomet/kromosomet, er det teoretisk muligt at samle en kontig af BAC’er, der dækker hele kromosomet. Virkeligheden er dog ikke altid ideel. Der er ofte stadig huller, og et stillads – bestående af contigs og huller – som dækker kortområdet er ofte det første resultat. Huller mellem contigs kan lukkes ved hjælp af forskellige metoder, der er beskrevet nedenfor.
Konstruktion af BAC-contigsRediger
BAC-contigs konstrueres ved at tilpasse BAC-regioner med kendt overlapning ved hjælp af en række forskellige metoder. En almindelig strategi er at anvende kortlægning af indholdet af sekvensmærkede steder (STS) til at påvise unikke DNA-steder, der er fælles mellem BAC’er. Graden af overlapning vurderes groft sagt ud fra antallet af STS-markører, der er fælles mellem to kloner, idet flere fælles markører betyder større overlapning. Da denne strategi kun giver et meget groft skøn over overlapningen, anvendes ofte restriktionsdigestfragmentanalyse, som giver en mere præcis måling af klonoverlapningen. Ved denne strategi behandles kloner med et eller to restriktionsenzymer, og de resulterende fragmenter adskilles ved gelelektroforese. Hvis der er tale om to kloner, vil de sandsynligvis have restriktionssteder til fælles, og de vil således dele flere fragmenter. Da antallet af fælles fragmenter og længden af disse fragmenter er kendt (længden vurderes ved sammenligning med en størrelsesstandard), kan graden af overlapning udledes med en høj grad af præcision.
Huller mellem contigsRediger
Huller er ofte tilbage efter den indledende BAC-contig-konstruktion. Disse huller opstår, hvis det screenede BAC-bibliotek (Bacterial Artificial Chromosome) har lav kompleksitet, hvilket betyder, at det ikke indeholder et stort antal STS eller restriktionssteder, eller hvis visse regioner var mindre stabile i kloningsværter og dermed underrepræsenteret i biblioteket. Hvis der stadig er huller mellem contigs, efter at der er foretaget kortlægning af STS-landemærker og restriktionsfingerprinting, kan sekventering af contig-enderne bruges til at lukke disse huller. Denne slutsekventeringsstrategi skaber i det væsentlige en ny STS, som kan bruges til at screene de andre contigs. Alternativt kan slutsekvensen af en contig bruges som primer til at primer walk over hullet.