コンティグとは、トップダウンまたは階層型シーケンス戦略を用いた場合に、染色体の物理的地図を形成する重複したクローンを指すこともあります。 この方法では、配列決定前に低解像度のマップを作成し、後のゲノムの配列リードのアセンブリを導くための枠組みを提供する。 この地図は、配列決定に使用されるクローンの相対的な位置と重なりを特定する。 染色体全体をカバーするコンティグを形成する最小数のクローンが、配列決定に使用されるタイリングパスを構成します。 タイリングパスが選択されると、その構成BACはより小さな断片に切断され、配列決定が行われる。 コンティグマップの構築にはいくつかのステップがある。 まず、DNAをより大きな（50-200kb）断片に切り分け、これをBACまたはPACにクローニングしてBACライブラリーを形成する。 これらのクローンはゲノム/染色体全体をカバーするはずなので、理論的には染色体全体をカバーするBACのコンティグを組み立てることが可能である。 しかし、現実は必ずしも理想的とはいえない。 ギャップはしばしば残り、地図領域をカバーするコンティグとギャップからなる足場が最初の結果となることが多い。 3459>
BACコンティグの構築 Edit
BACコンティグは、既知のオーバーラップするBAC領域を様々な方法でアラインメントして構築される。 一般的な方法としては、sequence-tagged site (STS) content mappingを用いて、BAC間に共通するユニークなDNA部位を検出する方法がある。 重複の程度は、2つのクローン間で共通するSTSマーカーの数によっておおよそ推定され、共通するマーカーが多いほど重複が大きいことを意味する。 この方法では大まかなオーバーラップの推定しかできないため、より正確にクローンのオーバーラップを測定できる制限消化断片分析がよく利用されている。 この方法では、クローンを1つまたは2つの制限酵素で処理し、得られた断片をゲル電気泳動で分離する。 2つのクローンがある場合、それらのクローンは共通の制限部位を持っている可能性が高く、したがっていくつかの断片を共有することになる。 共通する断片の数と長さがわかっているので（長さはサイズ標準との比較で判断）、重複の程度を高い精度で推測することができる。 スクリーニングした BAC (Bacterial Artificial Chromosome) ライブラリーの複雑度が低い場合、つまり STS や制限サイトをあまり含んでいない場合や、特定の領域がクローニングホストにおいて安定でなく、ライブラリにあまり含まれていない場合、このようなギャップが発生します。 STSランドマークマッピングと制限フィンガープリントを行った後、コンティグ間のギャップが残っている場合、コンティグ末端のシークエンスにより、これらのギャップを埋めることができる。 この末端配列決定法は、基本的に他のコンティグをスクリーニングするための新規STSを作成するものである。 あるいは、コンティグの末端配列をプライマーとして使用し、ギャップを越えてプライマーウォークすることも可能である
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