Karbonisering producerer stoffer, der kan være skadelige, og der bør træffes enkle forholdsregler for at mindske risikoen.
Den gas, der produceres ved karbonisering, har et højt indhold af kulilte, som er giftig, når den indåndes. Derfor skal man ved arbejde omkring ovnen eller gruben under drift, og når ovnen åbnes for aflæsning, sørge for, at der sikres en passende ventilation, så kulilte, som også dannes under aflæsning ved spontan antændelse af det varme brændsel, kan spredes.
Den tjære og røg, der produceres ved karbonisering, kan, selv om den ikke er direkte giftig, have skadelige virkninger på åndedrætsorganerne på lang sigt. Boligområder bør så vidt muligt placeres således, at de fremherskende vinde fører røgen fra kulkulsforbrænding væk fra dem, og batterier af ovne bør ikke placeres i umiddelbar nærhed af boligområder.
Tjære og pyroligneøse væsker kan være irriterende for huden, og man bør sørge for at undgå længerevarende hudkontakt ved at sørge for beskyttelsesbeklædning og vedtage arbejdsprocedurer, der minimerer eksponeringen.
Tjære og pyroligneøse væsker kan også alvorligt forurene vandløb og påvirke drikkevandsforsyningerne for mennesker og dyr. Fisk kan også blive negativt påvirket. Flydende spildevand og spildevand fra mellemstore og store trækulsproduktionsanlæg bør opfanges i store bundfældningsbassiner og have lov til at fordampe, således at dette vand ikke løber ud i det lokale afløbssystem og forurener vandløb. Ovne og gruber, til forskel fra retorter og andre sofistikerede systemer, producerer normalt ikke flydende spildevand – biprodukterne spredes for det meste i luften som dampe. Forholdsregler mod luftbåren forurening af miljøet er i dette tilfælde af større betydning.