Karbonisoinnissa syntyy aineita, jotka voivat osoittautua haitallisiksi, ja riskien pienentämiseksi on ryhdyttävä yksinkertaisiin varotoimenpiteisiin.
Karbonisoinnissa syntyvä kaasu sisältää runsaasti hiilimonoksidia, joka on myrkyllistä hengitettynä. Siksi työskenneltäessä uunin tai kuilun ympärillä käytön aikana ja kun uuni avataan purkamista varten, on huolehdittava asianmukaisesta ilmanvaihdosta, jotta hiilimonoksidi, jota syntyy myös purkamisen aikana kuuman polttoaineen spontaanin syttymisen seurauksena, pääsee hajaantumaan.
Karbonisoinnissa syntyvillä tervoilla ja savulla, vaikka ne eivät olekaan suoranaisesti myrkyllisiä, voi olla pitkäaikaisia haitallisia vaikutuksia hengityselimiin. Asuinalueet olisi mahdollisuuksien mukaan sijoitettava siten, että vallitsevat tuulet kuljettavat hiiltämistoiminnan savun poispäin, eikä uunipattereita saisi sijoittaa asuinalueiden välittömään läheisyyteen.
Puun tervat ja pyroligniinihappo voivat ärsyttää ihoa, ja olisi huolehdittava siitä, että vältetään pitkäaikainen ihokosketus hankkimalla suojavaatetus ja ottamalla käyttöön altistumista minimoivia työskentelytapoja.
Tervat ja pyroligniinihapot voivat myös saastuttaa vakavasti puroja ja vaikuttaa ihmisten ja eläinten juomaveden saantimääriin. Myös kaloihin voi kohdistua haitallisia vaikutuksia. Keskisuurten ja suurten puuhiilitoimintojen nestemäiset jätevedet ja jätevedet olisi eristettävä suuriin laskeutusaltaisiin ja niiden olisi annettava haihtua, jotta nämä vedet eivät pääse paikalliseen viemäriverkostoon ja saastuta puroja. Uunit ja kuilut, toisin kuin retortit ja muut kehittyneet järjestelmät, eivät yleensä tuota nestemäisiä jätevesiä – sivutuotteet leviävät ilmaan lähinnä höyryinä. Varotoimenpiteet ilman kautta tapahtuvaa ympäristön saastumista vastaan ovat tässä tapauksessa tärkeämpiä.