Karbonizací vznikají látky, které mohou být škodlivé, a proto je třeba přijmout jednoduchá opatření ke snížení rizik.
Plyn vznikající při karbonizaci má vysoký obsah oxidu uhelnatého, který je při vdechování jedovatý. Proto je třeba při práci v okolí pece nebo jámy během provozu a při otevření pece za účelem vykládky dbát na to, aby bylo zajištěno řádné větrání, které umožní rozptýlení oxidu uhelnatého, který vzniká i při vykládce samovznícením horkého paliva.
Dehty a kouř vznikající při karbonizaci sice nejsou přímo jedovaté, ale mohou mít dlouhodobé škodlivé účinky na dýchací systém. Obytné prostory by měly být pokud možno umístěny tak, aby převládající větry odváděly kouř z provozu dřevěného uhlí pryč od nich, a baterie pecí by neměly být umístěny v těsné blízkosti obytných prostor.
Dřevěné dehty a pyrolignová kyselina mohou dráždit kůži a je třeba dbát na to, aby se zabránilo dlouhodobému kontaktu s kůží poskytnutím ochranného oděvu a přijetím pracovních postupů, které minimalizují expozici.
Dehty a pyrolignová kapalina mohou také vážně kontaminovat toky a ovlivnit zdroje pitné vody pro lidi a zvířata. Nepříznivě mohou být ovlivněny také ryby. Kapalné odpadní vody a odpadní vody ze středních a velkých provozů na výrobu dřevěného uhlí by měly být zachycovány ve velkých usazovacích rybnících a měly by se nechat odpařit, aby se tato voda nedostala do místního kanalizačního systému a nekontaminovala toky. Pece a jámy, na rozdíl od retort a jiných sofistikovaných systémů, obvykle neprodukují kapalné odpadní vody – vedlejší produkty se většinou rozptylují do ovzduší ve formě par. V tomto případě mají větší význam opatření proti kontaminaci životního prostředí vzduchem
.