La carbonización produce sustancias que pueden resultar nocivas y deben tomarse sencillas precauciones para reducir los riesgos.
El gas producido por la carbonización tiene un alto contenido de monóxido de carbono que es venenoso cuando se respira. Por lo tanto, cuando se trabaje alrededor del horno o de la fosa durante el funcionamiento y cuando se abra el horno para la descarga, se debe procurar que haya una ventilación adecuada que permita dispersar el monóxido de carbono, que también se produce durante la descarga por la ignición espontánea del combustible caliente.
Los alquitranes y el humo producidos por la carbonización, aunque no son directamente venenosos, pueden tener efectos perjudiciales a largo plazo en el sistema respiratorio. En la medida de lo posible, las zonas de vivienda deben estar situadas de forma que los vientos dominantes transporten el humo de las operaciones de carbonización lejos de ellas y las baterías de hornos no deben estar situadas muy cerca de las zonas de vivienda.
Los alquitranes de la madera y el ácido piroligno pueden ser irritantes para la piel y se debe tener cuidado para evitar el contacto prolongado con la piel proporcionando ropa protectora y adoptando procedimientos de trabajo que minimicen la exposición.
Los alquitranes y los licores pirolignos también pueden contaminar gravemente los arroyos y afectar a los suministros de agua potable para humanos y animales. Los peces también pueden verse afectados negativamente. Los efluentes líquidos y las aguas residuales de las operaciones de carbón vegetal a mediana y gran escala deben ser atrapados en grandes estanques de sedimentación y dejarse evaporar para que esta agua no pase al sistema de drenaje local y contamine los arroyos. Los hornos y las fosas, a diferencia de las retortas y otros sistemas sofisticados, no suelen producir efluentes líquidos: los subproductos se dispersan en su mayoría en el aire en forma de vapores. En este caso, las precauciones contra la contaminación aérea del medio ambiente son más importantes.