Die wichtigsten Nahrungsquellen für diese Art sind die Samen von Kiefern (Pinus sp.), vor allem die beiden Weißkiefernarten (Pinus subgenus Strobus) mit großen Samen P. albicaulis und P. flexilis, aber auch andere hochgelegene Arten wie P. balfouriana, P. longaeva und P. monticola. Auf ihren Wanderungen in tiefere Lagen nutzt sie auch ausgiebig die Samen der Pinyon-Kiefer. Die isolierte Population am Cerro Potosí ist eng mit der endemischen Potosi-Kiefer Pinus culminicola verbunden. Alle Clarks Nussknacker haben einen sublingualen Beutel, der je nach Größe der Samen etwa 50-150 Samen aufnehmen kann; der Beutel verbessert die Fähigkeit der Vögel, Samen zu transportieren und zu lagern, erheblich.
Clarks Nussknacker lagern Samen, normalerweise im Boden für den späteren Verzehr, in Verstecken von 1-15 Samen (durchschnittlich 3-4 Samen). Je nach Zapfenfrucht und Baumart kann ein einzelner Nussknacker bis zu 98.000 Samen pro Saison einlagern. Die Vögel lagern regelmäßig mehr Samen ein, als sie tatsächlich benötigen, um sich gegen Saatgutdiebstahl durch andere Tiere (Eichhörnchen usw.) sowie gegen die geringe Verfügbarkeit alternativer Nahrung abzusichern; dieses überschüssige Saatgut verbleibt im Cache und kann keimen und zu neuen Bäumen heranwachsen, wenn die Bedingungen stimmen. Durch diese Aktivität des Zwischenspeicherns und Überspeicherns erhält der Vogel seinen eigenen Lebensraum. Eng verbunden mit diesem Speicherverhalten ist das bemerkenswerte räumliche Langzeitgedächtnis des Vogels; er ist in der Lage, Saatgutverstecke mit großer Genauigkeit wiederzufinden, auch noch neun Monate später und selbst dann, wenn die Verstecke unter bis zu einem Meter Schnee begraben sind. Ihre Gedächtnisleistung ist ein Beispiel für die hohe Intelligenz der Corvidae.
Die Ernährung umfasst auch eine breite Palette von Insektenbeute, Beeren und andere Früchte, kleine Säugetiere und gelegentlich Fleisch von Kadavern. Gelegentlich werden auch Eier und Nestlinge verzehrt, und Erdnüsse und Rindertalg sind auf Vogeltischen sehr beliebt. Die Nahrung wird sowohl vom Boden als auch von den Bäumen geholt, wo die Nussknacker sehr flink zwischen den Ästen sind. Die Vögel sind in der Lage, die Nahrung zu entnehmen, indem sie Kiefernzapfen so umklammern, dass die Zapfen zwischen einem oder beiden Füßen gehalten werden. Die Vögel hacken die Zapfen dann mit ihren kräftigen Schnäbeln auf. Auch verfaulte Baumstämme werden angeknabbert, um große Käferlarven zu finden, und Tiermist kann auf der Suche nach Insekten umgedreht werden. Clarks Nussknacker können auch opportunistische Fresser in bebauten Gebieten sein und sind bei manchen als „Lagerräuber“ bekannt.