Los recursos alimenticios más importantes para esta especie son las semillas de pinos (Pinus sp.), principalmente las dos especies de clima frío (de gran altitud) de pino blanco (Pinus subgénero Strobus) con semillas grandes P. albicaulis y P. flexilis, pero también utiliza otras especies de gran altitud como P. balfouriana, P. longaeva y P. monticola. Durante las migraciones a altitudes más bajas, también utiliza ampliamente las semillas de pinos piñoneros. La población aislada de Cerro Potosí está fuertemente asociada con el pino endémico local Pinus culminicola. Todos los cascanueces de Clark tienen una bolsa sublingual capaz de contener alrededor de 50-150 semillas, dependiendo del tamaño de las mismas; la bolsa mejora en gran medida la capacidad de las aves para transportar y almacenar semillas.
Los cascanueces de Clark almacenan semillas, generalmente en el suelo para su posterior consumo, en alijos de 1-15 semillas (promedio de 3-4 semillas). Dependiendo de la cosecha de conos y de la especie de árbol, un solo cascanueces puede almacenar hasta 98.000 semillas por temporada. Los pájaros almacenan regularmente más semillas de las que realmente necesitan como seguro contra el robo de semillas por parte de otros animales (ardillas, etc.), así como la baja disponibilidad de alimentos alternativos; este excedente de semillas se deja en el caché, y puede ser capaz de germinar y crecer en nuevos árboles, si las condiciones son adecuadas. A través de esta actividad de almacenamiento y sobrealmacenamiento, el ave perpetúa su propio hábitat. Este comportamiento de almacenamiento está estrechamente ligado a la notable memoria espacial a largo plazo del ave, que es capaz de reubicar los depósitos de semillas con gran precisión, incluso nueve meses más tarde, y aunque los depósitos estén enterrados bajo un metro de nieve. Sus poderes de memoria ejemplifican la elevada inteligencia de los córvidos.
La dieta también incluye una amplia gama de presas de insectos, bayas y otras frutas, pequeños mamíferos y, ocasionalmente, carne de cadáveres. A veces devora huevos y polluelos, y los cacahuetes y el sebo se han convertido en los favoritos en las mesas de las aves. La comida la toman tanto del suelo como de los árboles, donde los cascanueces son muy ágiles entre las ramas. Los pájaros son capaces de extraer el alimento agarrándose a las piñas de tal manera que éstas quedan sujetas entre una o ambas patas. A continuación, los pájaros abren las piñas con sus fuertes picos. También hachan troncos podridos para localizar grandes larvas de escarabajos, y pueden voltear el estiércol de los animales en busca de insectos. Los cascanueces de Clark también pueden ser alimentadores oportunistas en zonas urbanizadas, y son conocidos por algunos como «ladrones de campamentos».