Les ressources alimentaires les plus importantes pour cette espèce sont les graines de pins (Pinus sp.), principalement les deux espèces de climat froid (haute altitude) de pin blanc (Pinus subgenus Strobus) à grosses graines P. albicaulis et P. flexilis, mais utilisant également d’autres espèces de haute altitude comme P. balfouriana, P. longaeva et P. monticola. Lors des migrations vers des altitudes plus basses, elle utilise aussi largement les graines de pins pinyons. La population isolée de Cerro Potosí est fortement associée au pin de Potosi Pinus culminicola, endémique local. Tous les casse-noix de Clark possèdent une poche sublinguale capable de contenir environ 50 à 150 graines, selon la taille des graines ; la poche améliore considérablement la capacité des oiseaux à transporter et à stocker les graines.
Les casse-noix de Clark stockent les graines, généralement dans le sol pour une consommation ultérieure, dans des caches de 1 à 15 graines (moyenne de 3 à 4 graines). Selon la récolte de cônes ainsi que l’espèce d’arbre, un seul casse-noix de Clark peut cacher jusqu’à 98 000 graines par saison. Les oiseaux stockent régulièrement plus de graines qu’ils n’en ont besoin pour se prémunir contre le vol de graines par d’autres animaux (écureuils, etc.), ainsi que contre la faible disponibilité d’aliments alternatifs ; ce surplus de graines est laissé dans la cache et peut germer et donner naissance à de nouveaux arbres, si les conditions sont favorables. Par cette activité de mise en cache et de stockage excessif, l’oiseau perpétue son propre habitat. La remarquable mémoire spatiale à long terme de l’oiseau est étroitement liée à ce comportement de stockage ; il est capable de retrouver des caches de graines avec une grande précision, même neuf mois plus tard, et même lorsque les sites de cache sont enfouis sous un mètre de neige. Ses pouvoirs de mémoire illustrent la haute intelligence des Corvidés.
Le régime alimentaire comprend également un large éventail de proies d’insectes, de baies et d’autres fruits, de petits mammifères et parfois de la chair provenant de carcasses. Les œufs et les oisillons sont parfois dévorés, et les cacahuètes et le suif sont devenus les favoris des tables d’oiseaux. La nourriture est prise à la fois sur le sol et dans les arbres, où les casse-noix sont très agiles entre les branches. Les oiseaux sont capables d’extraire leur nourriture en agrippant les pommes de pin de telle sorte que les cônes sont maintenus entre une ou deux pattes. Les oiseaux ouvrent ensuite les cônes à l’aide de leur bec puissant. Les bûches pourries sont également entaillées afin de trouver de gros larves de coléoptères, et les excréments d’animaux peuvent être retournés à la recherche d’insectes. Les casse-noix de Clark peuvent également être des mangeurs opportunistes dans les zones développées, et sont connus par certains comme des » voleurs de camp « .