De belangrijkste voedselbronnen voor deze soort zijn de zaden van dennen (Pinus sp.), voornamelijk de twee in een koud klimaat (op grote hoogte) voorkomende soorten witte dennen (Pinus subgenus Strobus) met grote zaden P. albicaulis en P. flexilis, maar ook andere op grote hoogte voorkomende soorten zoals P. balfouriana, P. longaeva en P. monticola. Tijdens de trek naar lagere hoogten gebruikt hij ook op grote schaal de zaden van pinyon-dennen. De geïsoleerde Cerro Potosí populatie is sterk geassocieerd met de plaatselijke endemische Potosi pinyon Pinus culminicola. Alle Clark’s notenkrakers hebben een sublinguale buidel die ongeveer 50-150 zaden kan bevatten, afhankelijk van de grootte van de zaden; de buidel vergroot het vermogen van de vogels om zaden te vervoeren en op te slaan.
Clark’s notenkrakers slaan zaden op, gewoonlijk in de grond voor latere consumptie, in caches van 1-15 zaden (gemiddelde van 3-4 zaden). Afhankelijk van de kegeloogst en de boomsoort, kan een enkele Clark’s notenkraker tot 98.000 zaden per seizoen opslaan. De vogels slaan regelmatig meer op dan ze eigenlijk nodig hebben als verzekering tegen zaaddiefstal door andere dieren (eekhoorns, enz.) en de geringe beschikbaarheid van alternatief voedsel; dit overtollige zaad wordt in de cache achtergelaten en kan eventueel ontkiemen en uitgroeien tot nieuwe bomen, als de omstandigheden goed zijn. Door deze activiteit van “caching” en “over-storage”, bestendigt de vogel zijn eigen habitat. Nauw verbonden met dit opslaggedrag is het opmerkelijke ruimtelijke langetermijngeheugen van de vogel; hij kan de zaadcaches met grote nauwkeurigheid terugvinden, zelfs negen maanden later, en zelfs wanneer de cachelocaties onder een meter sneeuw bedolven zijn. Zijn geheugen is een voorbeeld van de hoge intelligentie van de Corvidae.
Het dieet omvat ook een breed scala aan insectenprooien, bessen en andere vruchten, kleine zoogdieren en soms vlees van kadavers. Eieren en nestjongen worden soms verslonden, en pinda’s en niervet zijn favoriet geworden op vogeltafels. Het voedsel wordt zowel van de grond als uit bomen gehaald, waar de notenkrakers zeer behendig zijn tussen de takken. De vogels zijn in staat voedsel te onttrekken door dennenappels zodanig vast te klemmen dat de kegels tussen een of beide poten worden vastgehouden. De vogels hakken de dennenappels dan open met hun sterke snavels. Ook wordt in rotte boomstammen gehakt om grote keverlarven te vinden, en dierlijke mest kan worden omgedraaid op zoek naar insecten. Clark’s notenkrakers kunnen ook opportunistische eters zijn in ontwikkelde gebieden, en staan bij sommigen bekend als “kamprovers”.