Karbonizacja wytwarza substancje, które mogą okazać się szkodliwe i należy podjąć proste środki ostrożności w celu zmniejszenia ryzyka.
Gaz wytwarzany podczas karbonizacji ma wysoką zawartość tlenku węgla, który jest trujący przy wdychaniu. W związku z tym, podczas pracy w pobliżu pieca lub szybu w trakcie eksploatacji oraz gdy piec jest otwierany w celu rozładunku, należy zadbać o zapewnienie właściwej wentylacji, aby umożliwić rozproszenie tlenku węgla, który powstaje również podczas rozładunku w wyniku samozapłonu gorącego paliwa.
Smoły i dym powstające podczas karbonizacji, chociaż nie są bezpośrednio trujące, mogą mieć długotrwały szkodliwy wpływ na układ oddechowy. Obszary mieszkalne powinny być, tam gdzie to możliwe, zlokalizowane tak, aby przeważające wiatry przenosiły dym z operacji węglowych z dala od nich, a baterie pieców nie powinny być zlokalizowane w bliskiej odległości od obszarów mieszkalnych.
Smoły drzewne i kwas pirolignezowy mogą być drażniące dla skóry i należy zadbać o uniknięcie długotrwałego kontaktu ze skórą poprzez zapewnienie odzieży ochronnej i przyjęcie procedur pracy, które minimalizują narażenie.
Smoły i ciecze pirolignezowe mogą również poważnie zanieczyścić strumienie i wpłynąć na zasoby wody pitnej dla ludzi i zwierząt. Negatywny wpływ może mieć również na ryby. Płynne ścieki i wody odpadowe ze średnich i dużych operacji związanych z węglem drzewnym powinny być zatrzymywane w dużych osadnikach i pozwalane na odparowanie, tak aby woda ta nie przedostawała się do lokalnego systemu odwadniającego i nie zanieczyszczała strumieni. Piece i doły, w odróżnieniu od retort i innych skomplikowanych systemów, zazwyczaj nie wytwarzają płynnych ścieków – produkty uboczne są w większości przypadków rozpraszane w powietrzu w postaci oparów. Środki ostrożności przeciwko zanieczyszczeniu środowiska przez powietrze mają w tym przypadku większe znaczenie.
.