A carbonização produz substâncias que podem ser prejudiciais e devem ser tomadas precauções simples para reduzir os riscos.
O gás produzido pela carbonização tem um alto teor de monóxido de carbono que é venenoso quando respirado. Portanto, ao trabalhar ao redor do forno ou fossa durante o funcionamento e quando o forno é aberto para descarga, deve-se tomar cuidado para que haja ventilação adequada para permitir que o monóxido de carbono, que também é produzido durante a descarga por ignição espontânea do combustível quente, seja disperso.
O alcatrão e a fumaça produzida pela carbonização, embora não diretamente venenosa, podem ter efeitos danosos a longo prazo no sistema respiratório. As áreas de habitação devem, sempre que possível, ser localizadas de modo que os ventos predominantes levem a fumaça das operações de carvão vegetal para longe delas e as baterias dos fornos não devem ser localizadas nas proximidades das áreas de habitação.
O alcatrão e o ácido piroligneico podem ser irritantes para a pele e deve-se ter cuidado para evitar o contato prolongado com a pele, fornecendo roupas de proteção e adotando procedimentos de trabalho que minimizem a exposição.
O alcatrão e os licores piroligneicos também podem contaminar seriamente os riachos e afetar o abastecimento de água potável para humanos e animais. Os peixes também podem ser afetados adversamente. Efluentes líquidos e águas residuais de operações de carvão vegetal de média e grande escala devem ser aprisionados em grandes tanques de decantação e deixados evaporar para que essa água não passe pelo sistema de drenagem local e contamine os riachos. Fornos e fossas, ao contrário de réplicas e outros sistemas sofisticados, normalmente não produzem efluentes líquidos – os subprodutos são na sua maioria dispersos no ar como vapores. As precauções contra a contaminação do ambiente pelo ar são de maior importância neste caso.