Karbonisering producerar ämnen som kan vara skadliga och enkla försiktighetsåtgärder bör vidtas för att minska riskerna.
Den gas som produceras vid karbonisering har en hög halt av kolmonoxid som är giftig när den andas in. När man arbetar runt ugnen eller gropen under drift och när ugnen öppnas för lossning måste man därför se till att lämplig ventilation tillhandahålls så att kolmonoxiden, som också produceras vid lossning genom spontan antändning av det heta bränslet, kan spridas.
Den tjära och rök som produceras vid karbonisering kan, även om den inte är direkt giftig, ha långvariga skadliga effekter på andningsorganen. Bostadsområden bör om möjligt placeras så att förhärskande vindar för bort röken från kolningsverksamheten från dem och batterier av ugnar bör inte placeras i nära anslutning till bostadsområden.
Tjära och pyroligneösa syror från trä kan vara irriterande för huden och man bör se till att undvika långvarig hudkontakt genom att tillhandahålla skyddskläder och anta arbetsrutiner som minimerar exponeringen.
Tjäran och de pyroligneösa vätskorna kan också allvarligt förorena bäckar och påverka dricksvattenförsörjningen för människor och djur. Fisk kan också påverkas negativt. Flytande avloppsvatten och avloppsvatten från medelstora och storskaliga träkolsverksamheter bör fångas upp i stora sedimentationsdammar och tillåtas avdunsta så att detta vatten inte passerar in i det lokala dräneringssystemet och förorenar vattendrag. Brännugnar och gropar, till skillnad från retorter och andra sofistikerade system, producerar normalt inget flytande avloppsvatten – biprodukterna sprids oftast i luften som ångor. Försiktighetsåtgärder mot luftburen förorening av miljön är av större betydelse i detta fall.