ChIP-chip je první a nejjednodušší z pokročilých technologií ChIP (má také nejvtipnější název). Poprvé byla popsána v roce 2000 (Ren et al., 2000), ChIP-chip spojuje chromatinovou IP s analýzou mikročipů, což umožňuje analýzu distribuce proteinů nebo modifikací zájmu v celém genomu (Aparicio et al., 2004).
Chromatinová IP se provádí pomocí protilátky proti proteinu nebo modifikaci proteinu zájmu. Výsledný přečištěný vzorek DNA a vstupní vzorek (DNA před IP) jsou fluorescenčně označeny a ko-hybridizovány na mikroarray. Lze použít jakoukoli z řady komerčně dostupných mikročipů, což výzkumným pracovníkům umožňuje kontrolu nad rozsahem experimentu.
Další významnou výhodou jsou náklady: technologie mikročipů je nyní relativně levná, což umožňuje zpracovat mnoho vzorků. Nevýhody ChIP-čipů vyplývají z přirozených omezení technologie microarray.
Microarraye mají ve srovnání se sekvenováním omezené rozlišení, což může být velmi důležité pro přesné určení vazebných míst POI v genomu. Dále má čip ChIP vyšší poměr signálu k šumu než sekvenační technologie, což znamená, že se ztrácejí jemné interakce (Ho et al., 2011). ChIP-chip má zásadní význam pro pochopení struktury a funkce lidského genomu (Kim et al., 2005).
ChIP-chip Další literatura
Buck, M.J., and Lieb, J.D. (2004). ChIP-chip: úvahy o návrhu, analýze a použití celogenomových chromatinových imunoprecipitačních experimentů. Genomics 83, 349-360.
Tento přehled je jedním ze seminárních dokumentů popisujících ChIP-chip. Autoři podávají dobrý úvod do této technologie a popisují krok za krokem, formou často kladených otázek, jak se ChIP-chip provádí.
Seznam odkazů
.