Déclin et extinction des amphibiens : ce que nous savons et ce que nous devons apprendre

Pendant plus de 350 millions d’années, des milliers d’espèces d’amphibiens ont vécu sur Terre. Depuis les années 1980, les amphibiens disparaissent à un rythme alarmant, dans de nombreux cas assez soudainement. Quelle est la cause de ces déclins et extinctions ? À l’ère moderne (après 1500), il existe six causes principales de perte de biodiversité en général, et toutes ces causes, agissant seules ou ensemble, sont responsables du déclin actuel des amphibiens : l’utilisation commerciale, les espèces introduites/exotiques qui concurrencent, s’attaquent et parasitent les grenouilles et salamandres indigènes, le changement d’utilisation des terres, les contaminants, le changement climatique et les maladies infectieuses. Les trois premières causes sont historiques en ce sens qu’elles sont à l’œuvre depuis des centaines d’années, bien que le taux de changement dû à chacune d’elles se soit fortement accéléré après le milieu du 20e siècle environ. Les contaminants, le changement climatique et les maladies infectieuses émergentes sont des causes modernes suspectées d’être responsables du « déclin énigmatique » des amphibiens dans les zones protégées. Les agents pathogènes introduits/exotiques, le changement d’affectation des sols et les maladies infectieuses sont les trois causes qui jouent un rôle évident dans le déclin et l’extinction des amphibiens ; jusqu’à présent, les trois autres causes ne sont impliquées que dans le déclin et non dans l’extinction. Le présent travail est une revue des 6 causes en mettant l’accent sur les pathogènes et en suggérant des domaines où de nouvelles recherches sont nécessaires. Batrachochytrium dendrobatidis (Bd) est un champignon chytride qui est une maladie infectieuse émergente causant le déclin des populations d’amphibiens et l’extinction des espèces. Historiquement, les agents pathogènes n’ont pas été considérés comme une cause majeure d’extinction, mais la Bd est une exception, ce qui explique pourquoi il s’agit d’un agent pathogène si intéressant et si important à comprendre. La perte de biodiversité mondiale de la fin du 20e et du début du 21e siècle est caractérisée comme un sixième événement d’extinction. Les amphibiens sont un exemple frappant de ces pertes car ils disparaissent à un rythme qui dépasse largement les niveaux historiques. Par conséquent, le déclin et l’extinction des amphibiens modernes sont une lentille à travers laquelle nous pouvons voir l’histoire plus large de la perte de biodiversité et de ses conséquences.

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