Contig może również odnosić się do nakładających się klonów, które tworzą fizyczną mapę chromosomu, gdy stosowana jest strategia sekwencjonowania z góry na dół lub sekwencjonowania hierarchicznego. W tej metodzie sekwencjonowania, mapa o niskiej rozdzielczości jest wykonywana przed sekwencjonowaniem w celu zapewnienia ram do kierowania późniejszym montażem odczytów sekwencji genomu. Mapa ta identyfikuje względne pozycje i nakładanie się klonów używanych do sekwencjonowania. Zestawy zachodzących na siebie klonów, które tworzą ciągłe odcinki DNA nazywane są kontigami; minimalna liczba klonów, które tworzą kontig obejmujący cały chromosom, składają się na ścieżkę miareczkowania, która jest używana do sekwencjonowania. Po wybraniu ścieżki kafelkowania, jej składowe BAC są dzielone na mniejsze fragmenty i sekwencjonowane. Kontigi stanowią zatem ramy dla sekwencjonowania hierarchicznego.Składanie mapy kontigowej obejmuje kilka etapów. Po pierwsze, DNA jest cięte na większe (50-200kb) fragmenty, które są klonowane do BAC lub PAC w celu utworzenia biblioteki BAC. Ponieważ klony te powinny pokrywać cały genom/chromosom, teoretycznie możliwe jest utworzenie kontinuum z BACs, które pokrywa cały chromosom. Rzeczywistość jednak nie zawsze jest idealna. Luki często pozostają, a rusztowanie – składające się z kontigów i luk – pokrywające region mapy jest często pierwszym rezultatem. Luki między kontigami mogą być zamknięte różnymi metodami opisanymi poniżej.
Konstrukcja kontigów BACEdit
Kontigi BAC są konstruowane przez wyrównanie regionów BAC o znanym zachodzeniu na siebie za pomocą różnych metod. Jedną z powszechnych strategii jest użycie mapowania zawartości miejsc znakowanych sekwencją (STS) w celu wykrycia unikalnych miejsc DNA wspólnych dla BAC. Stopień nakładania się jest z grubsza szacowany na podstawie liczby markerów STS wspólnych dla dwóch klonów, przy czym większa liczba wspólnych markerów oznacza większe nakładanie się. Ponieważ ta strategia zapewnia jedynie bardzo przybliżone oszacowanie nakładania się, często stosuje się analizę fragmentów trawienia restrykcyjnego, która zapewnia bardziej precyzyjny pomiar nakładania się klonów. W tej strategii, klony są traktowane jednym lub dwoma enzymami restrykcyjnymi, a powstałe fragmenty są rozdzielane przez elektroforezę żelową. Jeśli dwa klony, to prawdopodobnie będą miały wspólne miejsca restrykcyjne, a zatem będą dzielić kilka fragmentów. Ponieważ liczba wspólnych fragmentów i długość tych fragmentów jest znana (długość jest oceniana przez porównanie do standardu rozmiaru), stopień nakładania się może być wydedukowany z dużą dokładnością.
Luki między kontigamiEdit
Luki często pozostają po początkowej konstrukcji kontigów BAC. Luki te pojawiają się, gdy przesiewana biblioteka BAC (Bacterial Artificial Chromosome) ma niską złożoność, co oznacza, że nie zawiera dużej liczby STS lub miejsc restrykcyjnych, lub gdy pewne regiony były mniej stabilne w gospodarzach klonujących i przez to niedostatecznie reprezentowane w bibliotece. Jeśli po wykonaniu mapowania punktów orientacyjnych STS i odcisku palca restrykcyjnego pozostaną luki między kontigami, to sekwencjonowanie końców kontigów może być wykorzystane do wypełnienia tych luk. Ta strategia sekwencjonowania końcowego zasadniczo tworzy nowy STS, z którym można przesiewać inne kontigi. Alternatywnie, sekwencja końcowa kontiga może być użyta jako primer do primer walk across the gap.
.