ChIP-chip este prima și cea mai simplă dintre tehnologiile ChIP avansate (are, de asemenea, numele cel mai amuzant de pronunțat). Descrisă pentru prima dată în 2000 (Ren et al., 2000), ChIP-chip cuplează IP de cromatină cu analiza microarray, permițând o analiză la nivelul întregului genom a distribuției proteinelor sau a modificărilor de interes (Aparicio et al., 2004).
IP de cromatină se face folosind un anticorp împotriva unei proteine sau a unei modificări proteice de interes. Proba de ADN purificat rezultată și proba de intrare (ADN înainte de IP) sunt fiecare marcate fluorescent și cohibridizate pe o microarray. Se poate utiliza oricare dintre varietatea de microrețele disponibile în comerț, oferind cercetătorilor controlul asupra scării experimentale.
Un alt avantaj major este costul: tehnologia microrețelelor este acum relativ ieftină, permițând procesarea multor probe. Dezavantajele ChIP-chip-ului derivă din limitările inerente ale tehnologiei microarray.
Microarray-urile sunt limitate în ceea ce privește rezoluția în comparație cu secvențierea, ceea ce poate fi foarte important în identificarea punctelor de legare a POI în genom. Mai mult, ChIP-chip are un raport semnal/zgomot mai mare decât tehnologiile de secvențiere, ceea ce înseamnă că se pierd interacțiunile subtile (Ho et al., 2011). ChIP-chip a avut un rol esențial în înțelegerea structurii și funcției genomului uman (Kim et al., 2005).
ChIP-chip Lecturi suplimentare
Buck, M.J., and Lieb, J.D. (2004). ChIP-chip: considerații pentru proiectarea, analiza și aplicarea experimentelor de imunoprecipitare a cromatinei la nivelul întregului genom. Genomics 83, 349-360.
Această recenzie este unul dintre documentele seminale care descriu ChIP-chip. Autorii oferă o bună introducere în această tehnologie și descriu pas cu pas, într-o manieră FAQ, cum se realizează ChIP-chip.
Lista de referințe
.