Wilmot valittiin Pennsylvanian 12. kongressipiiristä demokraatteina Yhdysvaltain edustajainhuoneeseen 29., 30. ja 31. kongressiin, jossa hän toimi 4. maaliskuuta 1845 – 3. maaliskuuta 1851.
Wilmot-provison esittelyTiedoksianto
Kongressipaikkansa otettuaan Wilmot kannatti aluksi demokraattisen presidentin James K. Polkin politiikkaa. Hänestä tuli myös osa orjuuden vastaisten demokraattien epävirallista ryhmää, jota johti New Yorkin kongressiedustaja Preston King, joka oli kuvernööri Silas Wrightin suojatti ja entisen presidentin Martin Van Burenin liittolainen. Vaikka Wilmot vastusti orjuuden laajentamista alueille, häntä pidettiin yleisesti lojaalina demokraattipuolueen kannattajana; hän tuki Polkia Meksikon ja Amerikan sodan aloittamisessa ja oli ainoa Pennsylvaniasta kotoisin oleva edustajainhuoneen demokraatti, joka äänesti Walkerin tariffin puolesta. Polkin presidenttikaudella orjuutta vastustavat pohjoisen demokraatit alkoivat kuitenkin yhä useammin pitää Polkia kohtuuttoman suopeana etelävaltioiden eduille. He olivat erityisesti pettyneitä Polkin päätökseen tehdä kompromissi Britannian kanssa Oregonin jakamisesta sekä Polkin veto-oikeuteen sisäisiä parannuksia koskevaa lakiehdotusta vastaan.
Elokuussa 1846 Yhdysvaltain edustajainhuoneessa esiteltiin kahden miljoonan dollarin määrärahoja koskeva lakiehdotus, jonka tarkoituksena oli, että presidentti käyttäisi sitä Meksikon kanssa solmittavan rauhansopimuksen neuvottelemiseen. Wilmot esitti välittömästi seuraavan muutosehdotuksen:
”Edellytyksenä sille, että Yhdysvallat hankkii Meksikon tasavallalta minkä tahansa alueen niiden välillä mahdollisesti neuvotellun sopimuksen nojalla ja että toimeenpanovalta käyttää tässä tarkoitettuja varoja, on nimenomaisena ja perustavanlaatuisena edellytyksenä, että orjuutta tai tahdonvastaista orjuutta ei saa koskaan olla missään osassa mainittua aluetta, lukuun ottamatta rikosta, josta asianosaisen on ensin oltava asianmukaisesti tuomittu.”
Wilmot otti mallia siitä, mitä yleensä kutsutaan Wilmot Provisoksi, vuoden 1787 Northwest Ordinance -asetuksen jälkeen. Toisin kuin jotkut pohjoisen whigit, Wilmot ja muut orjuutta vastustavat demokraatit eivät pitkälti välittäneet rodullisesta tasa-arvosta, vaan vastustivat sen sijaan orjuuden laajentamista, koska he uskoivat, että instituutio oli haitallinen ”työtätekevälle valkoiselle miehelle”. Historioitsija Sean Wilentz kirjoittaa, että on epäselvää, miksi juuri Wilmot, ”merkityksetön” ensimmäisen kauden kongressiedustaja, esitti toimenpiteen. Wilmot väitti myöhemmin, että hän oli esittänyt varauman muista kongressin jäsenistä riippumatta, kun taas kongressiedustaja Jacob Brinkerhoff väitti, että hän oli varauman todellinen laatija. Wilentz arvelee, että Wilmot ja muut orjuudenvastaiset demokraatit laativat varauman yhdessä ja että laatijat sopivat, että se, jolla oli ensimmäinen tilaisuus esittää varauma, tekisi sen.
Helmikuussa 1847 käydyssä keskustelussa privisosta Wilmot selitti, ettei hän ollut abolitionisti eikä pyrkinyt lakkauttamaan orjuutta eteläisissä osavaltioissa, vaan halusi vain säilyttää niiden vapaiden alueiden koskemattomuuden, joilla ei ollut orjuutta eikä halunnut sitä:
”Pyydämme, että tämä hallitus suojelisi vapaiden alueiden koskemattomuutta orjuuden hyökkäyksiltä – sen vääränlaiselta anastamiselta. Sir, kannatin Teksasin liittämistä. Kannatin sitä kaikella vaikutusvallallallani, ja olin valmis ottamaan Teksasin mukaan sellaisena kuin se oli. En halunnut muuttaa sen instituutioiden luonnetta. Texas oli orjamaa. Äänestimme Teksasin liittämisen puolesta. Pohjoisen demokratia kannatti sitä kauttaaltaan. Me kannatamme sitä nytkin – vakaasti. Sir, me taistelemme tätä sotaa Teksasin ja etelän puolesta. Minä vahvistan sen; tämä on asia, jonka unioni hyvin tietää. Meille on kerrottu, että Kalifornia on meidän, ja niin se on. Aion käsitellä tätä aihetta tarkemmin ennen kuin lopetan. Mutta meille sanotaan, että Kalifornia on meidän. Ja me pohjoisessa pyydämme vain, että sen alueen luonne säilytetään. Se on vapaa, ja on osa vakiintunutta kansojen lakia ja kaikkea julkista oikeutta, että kun se liittyy tähän unioniin, kaikki siellä voimassa olevat lait, jotka eivät ole ristiriidassa sen uuden uskollisuuden kanssa, pysyvät voimassa. Tämä peruslaki, joka kieltää orjuuden Kaliforniassa, on voimassa; tämä peruslaki, joka kieltää orjuuden Uudessa Meksikossa, on voimassa. Valloittaako etelävaltio sen? Tekeekö etelävaltio tästä hallituksesta välineen puolueettomuutensa rikkomiseksi ja orjuuden perustamiseksi näille alueille lakia uhmaten? Tämä on kysymys. Tässä ei ole kysymys orjuuden lakkauttamisesta, sir. Kysymys on siitä, sallitaanko etelän hyökkäämällä, loukkaamalla oikeutta, valloittamalla vapaita alueita ja asettamalla niille orjuutta, viedä nämä alueet omien osittaisten tarkoitusperiensä ja suunnitelmiensa toteuttamiseen? Se on kysymys. Ja alistummeko me pohjoisessa siihen? Onko meidän annettava periksi? Se ei ole, sir, sopimuksen hengen mukaista, se ei ole, sir, perustuslain mukaista.”
Vuonna 1848 pitämässään puheessa Wilmot vastasi kriitikoille, jotka kutsuivat häntä radikaaliksi abolitionistiksi, viittaamalla Thomas Jeffersonin ehdotettuun vuoden 1784 maa-asetukseen (Land Ordinance of 1784), joka olisi kieltänyt orjuuden suurella osalla liittovaltion laajenevaksi kaavailtua läntistä territorion aluetta.
”Tämä, sir, näyttää hyvin paljon ’Proviso’-säädökseltä. Tässä on alkuperäinen ’tulenkantaja’ – harhaoppi, jonka kannattamisen vuoksi maansa hallitus nyt kieltää miehiä. Jos herra Jefferson olisi elänyt tänä päivänä, hänet olisi tuomittu abolitionistina ja unionin rauhan häiritsijänä.”
Kansanedustajakokous äänesti ensin alas vastaehdotuksen, joka koski vain Missourin kompromissin linjan ulottamista Meksikon myönnytysalueen poikki, minkä jälkeen se hyväksyi provison äänin 83-64. Tämä johti siihen, että koko budjettiesitys yritettiin jättää pöydälle sen sijaan, että se hyväksyttäisiin ”vastenmielisen varauman kanssa”, mutta tämä yritys kaatui ”pahaenteisen jaostomaisessa äänestyksessä 78-94”. Yhdysvaltain senaatti lykkäsi istuntoaan mieluummin kuin hyväksyi lakiehdotuksen varauksella varustettuna.
Vapaan maaperän liikeMuutos
Seuraavassa kongressin istunnossa esitettiin toimenpidettä Wilmot Provisolle, jossa määrärahan määrä korotettiin kolmeen miljoonaan dollariin ja muutoksen soveltamisala laajennettiin koskemaan kaikkia tulevia alueita, jotka Yhdysvallat saattoi hankkia. Tämä hyväksyttiin edustajainhuoneessa äänin 115-105, mutta senaatti kieltäytyi hyväksymästä sitä ja hyväksyi oman lakiehdotuksensa ilman muutosta. Edustajainhuone suostui, mikä johtui suurelta osin kenraali Lewis Cassin vaikutuksesta. Kun vuoden 1848 presidentinvaalit muotoutuivat, demokraatit hylkäsivät Wilmot-provison ohjelmassaan ja valitsivat Cassin ehdokkaakseen, joka asettui ehdolle kansan suvereniteettia ajavalla ohjelmalla. Uusi Free Soil -puolue ryhmittyi Wilmot Provison ympärille ja asetti ehdolle Martin Van Burenin, jonka ohjelmassa vaadittiin: ”Ei enää orjuuttavia osavaltioita eikä orjuuttavia alueita.”
Vuoteen 1848 mennessä Wilmot tunnettiin perusteellisesti vapaasieluiseksi, mutta monien muiden vapaasieluisten tavoin hän ei vastustanut orjuuden laajentamista sen vuoksi, että hän olisi juridisesti hylännyt itse instituution lyhytaikaisen olemassaolon, vaan pikemminkin sen vuoksi, että hän katsoi, että orjuus oli vahingollista valkoisten etujen kannalta. Itse asiassa hän kutsui Wilmot-provisoa toisinaan ”valkoisen miehen provisioksi”. Eräässä puheessaan edustajainhuoneessa Wilmot sanoi: ”Puolustan valkoisten vapaiden miesten asiaa ja oikeuksia Haluan säilyttää vapaalle valkoiselle työväelle oikeudenmukaisen maan, rikkaan perinnön, jossa oman rotuni ja oman värini työläispojat voivat elää ilman sitä häpeää, jonka liittyminen neekeriorjuuteen tuo vapaalle työväelle.” Samoihin aikoihin Wilmot puhui kuitenkin New Yorkissa pitämässään puheessa orjuuden lopullisesta tuhosta, kun hän väitti: ”Pidä orjuus annetuissa rajoissa … ja ajan mittaan se kuluttaa itsensä loppuun”. Sen olemassaolo voi jatkua vain jatkuvalla laajentumisella. … Orjuudella on itsessään oman tuhonsa siemenet.”
Wilmot esiteltiin Free Soil -puolueen ehdokkaana Yhdysvaltain edustajainhuoneen puhemieheksi vuonna 1849, ja hän joutui pian ristiriitaan James Buchananin johtaman Pennsylvanian demokraattisen puolueen valtavirran kanssa. Wilmot joutui vetäytymään vuoden 1850 kongressivaaleista maltillisemman Galusha A. Grow’n hyväksi.